מרפאת כאב בטן כרוני מיועדת למטופלים הסובלים מכאב בטן ממושך (למעלה מחצי שנה) ולא נמצאה סיבה לכאב בבירור ראשוני.
למרפאה לטיפול בכאב בטן כרוני, מגיעים מטופלים הסובלים זמן רב מכאב בטן ללא אבחנה ברורה.
המטופלים עוברים בירור בשאלת מקור הכאב לצורך אבחון מחלה ממקור דלקתי, חסימתי, זיהומי, חיסוני, גידולי, הפרעה בזרימת דם ועוד. מטופלים שלא נמצאה מחלה אורגנית ברורה כסיבה לכאב בסיום הבירור, יאובחנו כסובלים מכאב בטן ממקור תפקודי (centrally mediated abdominal pain) ויותאם טיפול אישי.