האגף הפנימי כולל עשר מחלקות פנימיות, המסונפות לפקולטה לרפואה ע”ש סאקלר באוניברסיטת תל-אביב. בנוסף למחלקות הפנימיות, קיימים מכונים ויחידות בתת המקצועות השונים, אשר מסונפים גם הם לפקולטה לרפואה, ביניהם: מכון ראומטולוגי, מכון גסטרואנטרולוגי, מכון ריאה ואלרגיה, מכון אנדוקריני, יחידה לאימונולוגיה קלינית, יחידה למחלות זיהומיות, יחידה לסוכרת, יחידה למחלות מטבוליות ועוד.
כמו כן, מסונפות לאגף הפנימי, המחלקה הנוירולוגית, המחלקה לנפרולוגיה ודיאליזה, מחלקת עור, המערך הקרדיולוגי, המערך ההמטולוגי והמערך האונקולוגי. בסה”כ, כ-40% ממיטות המרכז הרפואי שייכות לאגף הפנימי.
בשנים האחרונות, מושקע מאמץ רב בהעלאת הרמה הרפואית והאקדמית של רופאי האגף. קיימות מסגרות רבות להוראה, הן מחלקתיות והן אגפיות, ותוצאות הבחינות במקצוע הראשי ותת המקצועות השונים טובות מאוד עם אחוזי הצלחה שמגיעים לכ-80%. קיימים גם מסלולים אקדמיים נוספים, כגון מחקר באוניברסיטת תל-אביב ובמכון ויצמן במסגרת חלק מההתמחות או כתוכנית לדוקטורט.
